В версии 6.55 был модернизирован инструмент полного удаления программ, который получил ряд важных нововведений, в значительной степени влияющих на скорость удаления программ и безопасность этого процесса для системы и пользователя.
Для обеспечения безопасности в предыдущих версиях Reg Organizer перед удалением остатков удаленных программ создавалась стандартная точка восстановления системы, что приводило к задержке на довольно продолжительное время, в новой же версии такого не происходит.